נשיאי סלובקיה נבחרים בבחירות ישירות על-ידי כלל האזרחים לתקופת כהונה של חמש שנים. נשיא רשאי לכהן לא יותר משתי תקופות כהונה רצופות. הנשיאים נבחרים בשיטת רוב בשני סיבובים (majority-runoff): אם אף מועמד לא זוכה ברוב של הקולות (מעל 50%) מתקיים כעבור שבועיים סיבוב שני בו מתמודדים שני המועמדים המובילים. בבחירות האחרונות נבחר הנשיא המכהן לתקופת כהונה שנייה, כשניצח אחרי שני סיבובים שישה מועמדים.