נשיאי אסטוניה נבחרים על-ידי חברי הפרלמנט לתקופת כהונה בת חמש שנים, ואינם רשאים לכהן יותר משתי כהונות רצופות. על-מנת להיבחר על נשיא לזכות ברוב של שני שלישים מחברי הפרלמנט. אם לא משיג מועמד רוב כזה מתקיים סיבוב שני ואם גם בו לא מושג רוב מתקיים סיבוב שלישי. אם לאחר שלושה סיבובי הצבעה לא הושג רוב, עוברת ההכרעה לקולג' אלקטורלי המורכב מחברי הפרלמנט ונבחרי השלטון המקומי. בהצבעה הזו מתמודדים שני המועמדים שזכו למירב הקולות בסיבוב הקודם. הנשיא הנוכחי היה המועמד היחיד בבחירות לנשיאות שהתקיימו באוגוסט 2006, וזכה ב-64 מתוך 65 המצביעים (35 נציגים החרימו את הבחירות). מכיוון ש-64 הקולות מהווים מעט פחות משני שלישים, עברה ההכרעה לקולג' אלקטורלי, שם נבחר אוטומטית לנשיאות. באוגוסט 2011 נבחר הנשיא לתקופת כהונה שנייה, והפעם ניצח כבר בסיבוב הראשון לאחר שקיבל 73 קולות של חברי פרלמנט.