ב-25 בדצמבר 2000 הודיע סגן שר הביטחון אפרים סנא כי 'מערכת הביטחון תקים גדר מערכת לאורך קו התפר מאזור ואדי ערה ועד ללטרון' (פריש, 25.12.2000). למרות הצהרותיו הפורמליות כי הגדר 'אינה גדר שתיהפך לגבול, אלא גדר שנועדה למנוע פיגועים', כלומר גדר ביטחונית, במערכת הביטחון כבר דיברו בגלוי על משמעויותיה המדיניות וטענו כי 'בפועל כבר כולם מבינים שעומד להיות גבול עם הפלסטינים, וגם את האזור הכללי בו יעבור הגבול, לפיכך אין כל טעם להסתתר מאחורי טענות שונות של משא ומתן' (שם). אולם עם הקמת ממשלת שרון חודשיים לאחר מכן ירד הנושא מסדר היום של הממשלה, שכן גם ראשה וגם הרוב המוחלט של שריה התנגדו אז להקמת הגדר. עם זאת, הנושא לא ירד מסדר היום הלאומי. חבר הכנסת חיים רמון, שהגה את הרעיון עוד בימי ממשלת ברק, המשיך להטיף לבניית הגדר מעל כל בימה. תחילה לא זכה הרעיון לאהדה רבה בציבור, ורבים ראו בגדר מכשיר מדיני שמטרתו לסמן את קו הנסיגה החד-צדדית שרמון הטיף לה. אולם לאחר עשרים חודשי אינתיפאדה, ועל רקע טענותיהם החוזרות ונשנות של גורמים במערכת הביטחון כי אילו הייתה גדר היא הייתה מונעת את הפיגועים, החל רעיון הגדר לצבור תאוצה. בעיני הציבור הרחב הלך רעיון הגדר והתגבש כאמצעי האופטימאלי והאולטימטיבי לעצירת חדירות המחבלים לשטח ישראל. פואד, שהיה באותה תקופה שר הביטחון ועמד לפני פריימריס על ראשות מפלגת העבודה מול חיים רמון, הבחין בתהליך והחל לאמץ את רעיון הגדר בעצמו, אולם בצורה שונה מיריבו הפוליטי, שלא היסס להציג את הגדר כגדר מדינית. עם אימוצה על ידי פואד, 'הגדר שינתה כיוון' (ירושלמי, 8.7.2003). על מנת לבדל עצמו מרמון ומרעיון הנסיגה החד-צדדית שלו, הפך אותה פואד מגדר 'פוליטית', שנועדה להיות שלב בדרך להפרדה החד-צדדית על פי השקפתם של גורמים בשמאל, לגדר 'ביטחונית', שנועדה לתת מענה לצרכים הביטחוניים ולכן יכולה להתקבל כלגיטימית גם בעיני הימין.
הדרישה ההולכת וגוברת של הציבור לגדר, כמו הלחץ של פואד ושל מערכת הביטחון על שרון לאמץ את הרעיון ולהקים 'מכשול ביטחוני' מפני חדירות המחבלים, הביאו בסופו של דבר להפיכת הרעיון התאורטי למציאות בשטח. יש לציין כי על פי דוח מבקר המדינה, תכנית 'מרחב התפר' הוכנה על ידי המועצה לביטחון לאומי כבר ביולי 2001, ותכניות העבודה בנושא המכשול היו צריכות להיות מסוכמות בממשלה עד ספטמבר 2001, אולם זה נעשה רק במאי 2002 (פריש, 31.7.2002). ב-14 באפריל 2002, עם סיומו של מבצע 'חומת מגן', התכנס הקבינט הביטחוני והטיל את האחריות לביצוע תכנית 'מרחב התפר' על משרד הביטחון. מבחינה מעשית, זהו התאריך הרשמי לתחילתו של תהליך הקמת הגדר, אולם בשלב זה מועצת יש"ע עדיין לא הכירה בכך.
למרות השינוי שחל בדעת הקהל לטובת הגדר, ולמרות ההוראה המפורשת של ראש הממשלה להתחיל בבנייתה, מועצת יש"ע עדיין התנגדה לה באופן גורף והמשיכה להאמין כי יהיה בכוחה לעצור את הקמתה. על מנת להסיר ספק, מיהרו נציגי הנהלת המועצה לפגישה עם ראש הממשלה, וזה אכן הרגיע אותם באמרו כי אין לו כל כוונה להקים גדר רציפה אלא 'קטעים מסוימים של גדרות ומכשולים' (Ynet, 15.4.2002). תאורטית זה היה נכון: על פי התכנית המקורית שהציג שרון, הגדר אמורה הייתה לקום רק בשלוש גזרות: ג'נין, טול כרם וירושלים. תגובות של גורמים בשמאל, שטענו כי זו 'אחיזת עיניים' ודרשו להקימה בקו רציף וחד-משמעי לאורך הקו הירוק (שמואלי, 14.4.2002), חיזקו במועצת יש"ע את האמונה כי זו אכן כוונתו וכי אין סכנה אמתית שתיבנה גדר. אולם מהר מאוד הבינו ביש"ע כי הסכנה של הקמת הגדר מוחשית.
על רקע הודעתם של ראשי הרשויות בקו התפר כי בשל הססנותה של הממשלה בכוונתם להתחיל לבנות את הגדר בכוחות עצמם (רופא, 30.4.2002), ועל רקע העתירה שהגישה 'התנועה להפרדה' לבג"ץ נגד ראש הממשלה וגורמים במערכת הביטחון בדרישה להתחיל מיד בבניית גדר לאורך כל קו התפר (וייס, 24.4.2002), החלו אנשי מועצת יש"ע בסדרת פגישות תוך ניסיון לברר את רצינות הכוונה להקים גדר. לאחר פגישותיהם עם ראש המועצה לביטחון לאומי, שתכננה את התוואי, עם ראש השב"כ ועם שר הביטחון, התחילו ראשי המועצה להבין שלמרות הצהרותיו של שרון, ההכנות במערכת הביטחון להקמת גדר רציפה לאורך כל מרחב התפר כבר בעיצומן. למרות הצהרותיו של בן-אליעזר כי 'מדובר בהפרדה ביטחונית באמצעות מכשולים, ולא בהפרדה פוליטית' (בחור, 28.5.2002), נדלקה במועצת יש"ע נורה אדומה. 'הבנו שרימו אותנו' נזכר שאול גולדשטיין בתחושותיו לאחר השיחה עם שר הביטחון, 'ושלא רק שתהיה גדר, זה יהיה גבול לכל דבר' (ריאיון, 26.11.2003).
ב-15 במאי 2002 הודיע מנכ"ל משרד הביטחון כי הכוונה היא להקים גדר רציפה 'בשלב ראשון מאזור הגלבוע עד אזור ירושלים' (רפפורט, 15.5.2002), וב-27 במאי 2002 הציג בן-אליעזר לראש הממשלה את תכניתו להקמת מכשול הפרדה ביטחוני לאורך כל מרחב התפר. מועצת יש"ע כינסה ישיבת חירום. בהתחלה החליטה כי תדרוש להקים את הגדר על הקו הירוק, מתוך הנחה שאיש לא יאפשר את השארתן של אריאל ומעלה אדומים מחוץ לגדר (ריאיון, שאול גולדשטיין, 26.11.2003). אולם מהר מאוד נסוגה מקו זה והחלה להילחם על שינוי התוואי שהציע שר הביטחון ועל הכללת כל ההתנחלויות באזור בתחום הגדר.[137] את המאבק המרכזי להזזת הגדר מזרחה ניהל ממלא מקום יושב ראש מועצת יש"ע חיסדאי אליעזר, בהיותו ראש מועצת אלפי מנשה. 'בהתחלה ניהלתי מאבק יחיד. מועצת יש"ע לא אהבה את הרעיון הזה, רק אחר כך היא הודתה בטעות. במשך שבועות ארוכים הסתובבתי בכנסת עם עדי מינץ ונפגשנו עם חברי כנסת. הגעתי לכל כינוס מפלגתי בכל מקום בארץ וחילקתי פליירים. מבחינת התושבים שלי, אם היו משאירים אותנו מחוץ לגדר כפי שתוכנן, היישוב היה מתפרק' (ריאיון, 2.2.2005).
המאבק של אליעזר על הכללת אלפי מנשה בתחום הגדר סימן את נקודת המפנה באסטרטגיה של מועצת יש"ע. 'בהתחלה ניסינו לקבל מראש הממשלה הצהרה שרק אלפי מנשה תיכלל בתחום הגדר', מסביר גולדשטיין, 'אבל אז החלה התקוממות של יתר היישובים באזור, והחלטנו על קו כללי יותר שהמגמה שלו שכמה שיותר התנחלויות ייכללו בתחום הגדר'. עם זאת, בניגוד למהלכיה בתוך המערכת, שכוונו במפורש להזזת הגדר מזרחה, כלפי חוץ שידרה מועצת יש"ע מסר מעורפל. מצד אחד הדגישה כי היא ממשיכה 'להתנגד בתוקף להקמת גדר ההפרדה', ויושב הראש שלה אף איים בפירוק הקואליציה אם תוקם גדר הפרדה (שמואלי, 12.6.2002). מצד אחר היא טענה כי תהיה מוכנה להקמת מכשול ביטחוני, בתנאי שזה ייקבע 'בהתאם להמלצת גורמי הביטחון', ובתנאי שלא יוצב 'בשיטתיות על הקו הירוק' (וייס, 9.6.2002). על הבלבול בין שתי העמדות ניתן ללמוד מדברי המשתתפים בישיבת החירום שיזמה שדולת יש"ע בכנסת. מצד אחד נטען שם כי 'הגדר באה לקבוע את הגבול של ישראל', שרון הואשם בכניעה לשמאל, ואלי כהן, נציג יש"ע בכנסת, הגדיר את הגדר כ'גדר אשליות' שלא תוסיף מאומה לביטחון. מצד אחר המשיכו תושבי יש"ע להתלונן על כך שיישוביהם נשארו מחוץ לגדר (שמואלי, 12.6.2002). 'אני לא בעד הגדר, אבל אם כבר יש, לא ייתכן שעשרת אלפים איש יישארו בחוץ [...] לא ניתן להפקיר אותנו', הסביר ראש מועצת אלקנה (שומפלבי, 24.7.2002).
ב-23 ביוני 2002 אישר הקבינט הקמת מכשול רציף מסאלם עד אלקנה וקטעים בעוטף ירושלים, אולם התוואי טרם אושר. לפיכך, במהלך יוני-יולי, לקראת ישיבת הממשלה בנושא ולקראת אישור התוואי — נוסף על הפגישות השוטפות עם גורמים במערכת הביטחון — קיימה מועצת יש"ע גם פגישות רבות עם שרי ממשלה מהימין ומש"ס במטרה לגייסם למאבק על הזזת הגדר מזרחה בהתאם ל'מפת האינטרסים ההתנחלותיים', כפי שהגדיר זאת מאיר שטיגליץ (שטיגליץ, 17.7.2002). רוב השרים נענו לקריאתם של ראשי המועצה, ובישיבת הממשלה שדנה בתוואי הגדר הועלו דרישותיהם כמעט אחת לאחת על ידי השרים שעמם נפגשו, כמו לימור לבנת, אפי איתם, דני נווה, עוזי לנדאו ואלי ישי. חלקם אף הגישו לראש הממשלה מסמך כתוב ומפורט עם תביעותיהם.[138] למרות הפעולה המתואמת של מועצת יש"ע בממשלה, בניסיונה לכלול את כל ההתנחלויות שבאזור הגדר בתחומה, הייתה לה הצלחה חלקית בלבד. ב24- ביולי 2002 הסכים משרד הביטחון להאריך את קו הגדר מעט ולכלול בתוכה, נוסף על גוש יישובי אלפי מנשה, עוד שלוש התנחלויות ובהן אלקנה (שומפלבי, 24.7.2002), אך תוואי הגדר שאושר בקבינט ב-14 באוגוסט 2002 היה בעיקרו זה שהציעה מערכת הביטחון ולא זה של מועצת יש"ע. גדר ההפרדה שאושרה אמנם לא חפפה אחד לאחד את הקו הירוק, אולם יישובים מבודדים נשארו מחוצה לה, וכמעט כל ההסתייגויות שהוצגו בממשלה על ידי שרי הימין נדחו (בחור, 14.8.2002). במועצת יש"ע הייתה תחושה של כישלון, אבל יותר מכך תחושה של פחד מפני הבאות. באשר לקטע שאושר, ההבדלים בין תכניתה לבין זו של מערכת הביטחון היו, כאמור, הבדלים מינוריים. החשש הגדול היה מפני המשך המגמה של בניית הגדר סמוך לקו הירוק, כפי שהמליצו בכירים במערכת הביטחון, גם בקטע המרכזי של הגדר, מול יישובי השומרון. שם היה מדובר לא רק במספר רב יותר של התנחלויות אלא גם באריאל, עיר בת 17 אלף תושבים.
שלא כמו התהליך המהיר יחסית של אישור התוואי הראשון של הגדר, שלב הדיונים על התוואי באזור אריאל היה ממושך וארך חודשים ארוכים. במהלך חודשים אלה נדמה היה למועצת יש"ע שהנושא ירד מסדר היום, לפחות של הממשלה, ולא רק לה היה נדמה כך. אפילו דן מרגלית, שלפי עדותו כתב עשרות מאמרים פולמוסיים בזכותה, 'נרדם בשמירה', כהגדרתו. אמנם, בתקשורת פורסם כי 'תכנית ההפרדה ובניית הגדר נכנסו בשבועות האחרונים להילוך גבוה' (פריש, 30.9.2002), אולם לא זו הייתה התחושה בשטח. ב30- באוקטובר 2002, עוד בטרם אושר התוואי השני באזור הגלבוע, פרשה מפלגת העבודה מהממשלה. שאול מופז, שהחליף את פואד במשרד הביטחון, הכריז אמנם עם כניסתו לתפקיד כי 'גדר ההפרדה היא מהנושאים החשובים ביותר המונחים על שולחני והיא תתרום תרומה משמעותית מאוד לביטחון אזרחי ישראל ולצמצום טרור המתאבדים' (פריש, 6.11.2002). אולם בפועל, עם עזיבתו של פואד והכרזת שרון כשבוע לאחר מכן על קיום בחירות כלליות ב19- בינואר 2003, הואט מאוד תהליך בניית הגדר.[139]
כמו עניין שבשגרה, לאחר כל פיגוע נשמעו מחדש הקריאות — בציבור, במערכת הפוליטית, במערכת הביטחון ובתקשורת — לזרז את הקמת הגדר. אולם בהיעדר גורם בעל סמכות שהיה מעוניין בזירוז הקמתה, היות ש'אין מספיק פוליטיקאים שרוצים בגדר, וגם רוב הפוליטיקאים שרוצים בה אינם רוצים מספיק' (מרגלית, 7.3.2003), היא לא הייתה באמת בראש סדרי העדיפויות של הממשלה. 'גדר ההפרדה היא הבן החורג של הפוליטיקה הישראלית', כתב דן מרגלית לאחר הפיגוע במצר (מרגלית, 12.11.2002). 'נרדמנו בשמירה', אמר, הפעם לאחר הפיגוע באוטובוס בחיפה, והוסיף:
ידענו כי הפוליטיקאים, שהבטיחו לנו את הגדר, עובדים עלינו בעיניים [...] הטובים באנשי הביטחון, אבי דיכטר, שלמה אהרונישקי וגבי אשכנזי מצדדים במתיחתה. הגדר פותרת את הרוב המכריע של בעיות הטרור ברמתו הנוכחית. אבל הפוליטיקאים סיכלוה. שר הביטחון הקודם, בנימין בן-אליעזר, הצטרף לתומכים כאשר גדר ההפרדה תפסה מקום טוב בסקרים לפני הפריימריס במפלגתו. שאול מופז ומשה יעלון לא באמת רוצים. מעולם לא נשמעו אומרים מילה בזכותה ביוזמתם. רק כשלוחצים אותם, וגם אז כמי שכפאם שד. סילבן שלום הבטיח כסף ולא נתן. בתקציב שהגיש לכנסת אין אגורה אחת למטרה הדחופה ביותר של ביטחון האזרחים (מרגלית, 7.3.2003).
רק בעקבות הפיגוע בבית שאן, שאירע ביום הפריימריס של שרון מול נתניהו, קיבל תהליך הקמת הגדר דחיפה קלה נוספת. יומיים אחרי הפיגוע, בארבעה בדצמבר 2002, אישרה הממשלה את הקמת הקטע השני של הגדר, בין סאלם לבית שאן, על תוואי הקו הירוק.
בינואר 2003 הוגש נגד המדינה בג"ץ שני בעניין הגדר, הפעם בשם תנועת 'גדר לחיים', ובו דרישה להקים גדר רציפה לאורך כל קו התפר בפרק זמן קצוב מראש (וייס, 4.1.2003). בעקבות תשובת המדינה כי רשויות הצבא כבר החלו בתכנון הבנייה באזור שבין אלקנה לירושלים, ולנוכח שני הקטעים שכבר אושרו, החלו חששותיה של מועצת יש"ע — שהגדר תקום על הקו הירוק — להתאמת, והיא החלה בתכנון מואץ של תוואי חלופי להצעת מערכת הביטחון באזור אריאל. לפיו, הגדר תצא מאלפי מנשה ותקיף את כל יישובי השומרון, לרבות אריאל (ריאיון, עדי מינץ, 26.11.2003).
במועצת יש"ע החליטו לשמור על 'שקט תעשייתי' והשקיעו את עיקר המאמצים ב'ערוצים חשאיים', ולא במאבק מעל דפי העיתונים. לפיכך, אף על פי שעל פעולותיהם הרבות כמעט שלא נכתב דבר, במהלך החודשים ינואר-אפריל הם קיימו הרבה מאוד שיחות ומפגשים עם הגורמים השונים במערכת הביטחון וגם עם שר הביטחון וסגנו, בניסיון לשכנע אותם לקבל את הצעתם בעניין התוואי באזור אריאל. לאחר ש'במהלך החודשים האחרונים ניטש ויכוח על התוואי המתוכנן של הקטע הדרומי של הגדר, בעיקר באשר לשאלה אם הגדר תוסט מזרחה ותקיף את אריאל ממזרח' (פריש, 24.4.2003), החלו הלחצים שהפעילה מועצת יש"ע לשאת פרי. שר הביטחון מופז החליט לקבל את עיקרי הצעתה ולבנות את הגדר בעומק השומרון כך שתקיף את אריאל ממזרח, 'בניגוד לתוואי המקורי, שהיה קרוב לקו הירוק' (מרגלית, 4.4.2003). ראש הממשלה אישר את המלצת שר הביטחון, ובישיבה סגורה של השניים עם גורמי צה"ל, בשניים באפריל 2003, התקבלה ההחלטה. אולם אף שכבר ב-11 במרס 2003 הבטיח שר הביטחון מעל בימת הכנסת כי 'בשבועות הקרובים יובא לאישור הקבינט והממשלה תוואי גדר ההפרדה הדרומי מאלקנה לערד' (מופז, 'דברי הכנסת', 11.3.2003), ראש הממשלה לא מיהר לעשות זאת. 'מתגנב חשד כבד מנשוא ללב', כתב דן מרגלית בעקבות ההחלטה החדשה, 'שהממשלה מעתיקה עתה את הגדר מזרחה כדי להזמין התנגדות אמריקנית חריפה. מול הזעם מוושינגטון תיאלץ הממשלה להתקפל ולוותר על הגדר, והיא חשודה שתעשה כן בחפץ לב' (מרגלית, 4.4.2003). בשלב זה, ההתנגדות מוושינגטון לגדר אמנם טרם נראתה באופק בבירור. אולם לתחושה שביטאו בעיקר אנשי השטח ותנועות המחאה ש'ראש הממשלה ושר הביטחון מעכבים בכל מיני אמתלות את בניית הגדר' (מועלם, 20.5.2003) היה בהחלט על מה לסמוך. מאז החלה בניית הגדר ביוני 2002 ועד מאי 2003 הושלמה בנייתם של ארבעים קילומטר בלבד מתוך מאתיים הקילומטרים שכבר תוכננו. אולם ראש הממשלה דחה את הטענות באשר לעיכוב מכוון, וההסבר היחיד שנתן מדי פעם בפעם היה ש'אין לכך כסף' (בחור, 13.11.2002).[140] בסקר 'מדד השלום' שערך מכון שטיינמץ ביוני 2003 נמצא כי למרות הכחשותיו של ראש הממשלה, שישים אחוז מהציבור מאמינים כי העיכוב בבניית הגדר נעוץ במניעים פוליטיים, וכי הממשלה אינה מעוניינת בהקמת הגדר מחשש שבכך ייקבע הגבול המדיני בין ישראל לפלסטינים (יער והרמן, 8.7.2003). ואמנם, במהלך שלושת החודשים אפריל–יוני 2003 כמעט שלא חלה שום התקדמות בבניית הגדר. ב20- באפריל 2003 שלח חבר הכנסת שלגי משינוי מכתב לשר הביטחון ובו הזכיר לו את הבטחתו מעל דוכן הכנסת להביא את תוואי הגדר המתוכנן לאישור הממשלה, דבר שטרם בוצע, אך זה לא השיב לו (מועלם, 30.5.2003).
הבטחתו של שרון כי 'אריאל ועמנואל יהיו בצד המערבי של גדר ההפרדה' (בן ורגולר, 14.5.2003), כפי שביקשה מועצת יש"ע, העיכובים בהתקדמות התהליך והעובדה שטרם נקבעה ישיבת ממשלה לאישור התוואי המרכזי תרמו לא מעט להיחלשות המאבק של מועצת יש"ע בעניין הגדר. אולם הסיבה העיקרית לכך הייתה המהלכים המדיניים הנוספים שהופיעו על סדר היום הלאומי, ושהדאיגו את מועצת יש"ע הרבה יותר מבנייתה של גדר: התבטאויותיו המפתיעות של שרון על ה'כיבוש' הבלתי אפשרי, כביכול, ביש"ע; פינוי מאחזים; ובעיקר הופעתה של 'מפת הדרכים' שהונחה על שולחן הממשלה לקראת סוף אפריל (בנזימן, 18.4.2003). בחודשים אפריל עד יוני, מועד אישורה של 'מפת הדרכים', הופנה עיקר המאבק נגד מה שהוגדר על ידי מועצת יש"ע 'מפת הדרכים לגיהנום'. מבחינתה, לעומת 'מפת הדרכים' לא רק הגדר הייתה נושא שולי, אפילו תהליך אוסלו היה 'חיית מחמד' (שרגאי נ', 26.5.2003).
המאבק של מועצת יש"ע על הגדר התחדש, ובמלוא עוזו, רק עם אישורה של 'מפת הדרכים'. הסיבה לכך הייתה לא רק התנגדותה הגוברת של ארצות הברית לתוואי שעליו סוכם עם שר הביטחון וראש הממשלה באפריל, אלא בעיקר התחושה הקשה שליוותה את המאבק על 'מפת הדרכים' שלא ניתן עוד לסמוך על ראש הממשלה. הייתה תחושה קשה ששרון, מי שנחשב 'האבא של המתנחלים' כהגדרתו של יואל מרקוס ב'הארץ' (מרקוס, 27.5.2003), נטש את הדרך, ויעשה כל מה שתדרוש ממנו ארצות הברית, גם במחיר של פגיעה ביש"ע. [141] שרון 'המיר את דתו', כתב ישראל הראל, ממייסדי מועצת יש"ע (הראל י', 29.5.2003). 'אנחנו היום לבד במאבק' אמר שאול גולדשטיין בדאגה, 'רק מתנחלים. פעם היינו חלק ממשפחת הימין המורחבת. עכשיו אנחנו לבד' (בן-סימון, 5.6.2003). 'אין לי יותר לבטים לגבי האיש', אמר יושב ראש מועצת יש"ע בנצי ליברמן בישיבת חירום שקיימה המועצה על רקע פינוי מאחזים ואישור מפת הדרכים. 'זה אריק של ימית. כואב לי שהתדרדר למצב כזה כדי לרצות את האמריקנים. הם אומרים לו מה לעשות, והוא עושה' (בן-סימון, 13.6.2003). 'אינני יודע', הוסיף חבר הכנסת מיכאל רצון, 'אם להאמין לידו הימנית או לידו השמאלית' (רצון, 15.6.2003). תחושתם הראשונית של רבים במועצת יש"ע — שהאמירות של שרון הן טקטיות, ושהוא לא יעז לעקור את מה שהוא בעצמו בנה — התחלפו בחשש אמתי מפני הבאות.
ביום הטקס בעקבה, שבו קיבלה ממשלת ישראל רשמית את מפת הדרכים, הצליחה אמנם מועצת יש"ע לארגן הפגנת המונים בירושלים, אולם זה לא היה פשוט. 'שוב התברר לנו', הסביר לי דובר המועצה, 'שאנחנו מתקשים לגייס המונים למאבק מול ממשלת ימין', ושהדרך הטובה ביותר להשפיע על המדיניות של הממשלה היא, כפי שהוחלט, מבפנים.
במהלך החודשים שבהם הורידה מועצת יש"ע פרופיל בנושא המאבק על הגדר בלטה מאוד פעילותם של הארגונים החוץ-פרלמנטריים — הן אלה שפעלו נגד הגדר הן אלה שלחצו להאיץ את בנייתה. ב-27 במאי 2003, למשל, יזמו 'פורום הארגונים החוץ-פרלמנטריים של הימין' וה'פורום לשמירה על ערכי הליכוד' — שני ארגונים שרוב חבריהם תושבי יש"ע, חברי ליכוד, ונמצאים בקשרי עבודה קרובים עם מועצת יש"ע — בשיתוף עם חבר הכנסת מיכאל איתן ישיבה מיוחדת בכנסת בנושא, שנועדה להרחיב את מעגל המתנגדים לגדר. המסר העיקרי שיצא מהישיבה היה שהגדר היא 'מחטף מדיני של השמאל' ולכן יש להתנגד לה. 'גדר האשליות הזו אינה רק חסרת תועלת, היא מסכנת את המדינה', נכתב בחומר ההסברה שחולק בישיבה, שכלל ציטוטים מדברים שאמרו נגדה ראש הממשלה והרמטכ"ל, ונעשתה השוואה בין הגדר, שהוגדרה כ'אסון', לבין 'קו מז'ינו' ו'קו בר-לב'. [142] בסיום הישיבה נשלח מכתב לראש הממשלה שעליו החתימו הארגונים חברי כנסת מהליכוד, ובו קראו לו להפסיק את בניית הגדר בטענה ש'לא תיתן מענה ביטחוני ראוי, ואף עלולה לגרום לנזק מדיני ניכר בקיבוע תוואי הגדר כקו גבול עתידי'.[143]