הרב מרדכי אלון נולד ב–1959 בירושלים. הוא בנו הצעיר של פרופ' מנחם אלון, לשעבר המשנה לנשיא בית המשפט העליון וחתן פרס ישראל למשפט העברי. הרב אלון למד בישיבת מרכז הרב לצעירים, בישיבה הגבוהה מרכז הרב ובישיבות ההסדר אור עציון וקריית שמונה. בגיל 24 החל לכהן כר"מ (רב מחנך; מחנך כיתה הנושא בתואר רב) בישיבה התיכונית חורב בירושלים, וכעבור ארבע שנים התמנה לראש הישיבה.
הרב אלון בולט בכישרון הדרשנות והנאום שלו, ולמעשה נחשב כיום לדרשן הבולט ביותר בקרב רבני הציונות הדתית. אחד הביטויים הבולטים של כישרונו זה הוא השיעור הקבוע בפרשת השבוע שהוא מלמד מאז שנת 1992 (בהיותו בן 33) בבית הכנסת ישורון בירושלים — שיעור המושך אליו מאות אנשים ומשודר בקביעות ב'קול ישראל'. אלון מגיש כבר כמה שנים תכנית פרשת השבוע גם בערוץ הראשון של הטלוויזיה, 'מבראשית'. הוא הקים את תנועת מבראשית, שעניינה קירוב ילדים ובני נוער ליהדות, בעיקר ילדם ובני נוער חילונים, אם כי התנועה פעילה גם בבתי ספר דתיים. האמצעי העיקרי להשגת מטרה זו הוא דפי פרשת השבוע, שסגנון כתיבתם ועיצובם נועד להתאימם לקורא החילוני. לאחרונה החלה התנועה להפעיל 'טיולי מורשת' בבתי ספר תיכוניים דתיים וחילוניים ברחבי הארץ.
הרב אלון נחשב 'רץ למרחקים ארוכים', והוא נזהר מהתבטאויות בוטות או שנויות מדי במחלוקת. ברוח זו הוא גם דחה כמה וכמה הצעות להיכנס לפוליטיקה. הוא מדבר על הצורך להשפיע על העומקים. הוא מזוהה בבירור כאיש ימין, אבל נזהר מהתמקדות בפוליטיקה מידית ומעדיף לעסוק בחינוך. ב–2003 הוא עזב את ראשות הישיבה התיכונית חורב והחל לכהן כראש ישיבת הכותל — ישיבת הסדר השוכנת ברובע היהודי בעיר העתיקה בירושלים, שהחלה לדעוך ועמדה לפני סכנת סגירה.
הרב אלון הסכים להתראיין למחקר זה. בריאיון הוא מסביר ש'המשטר הדמוקרטי הוא כלי חשוב, אבל לא יותר מכלי'. מטרתו היא 'לאפשר לחברה היהודית–מודרנית במדינת ישראל להיארג למארג אחד', ויש לראות בו את הכלי היחיד שיכול לאפשר זאת. בד בבד הוא מזהיר מפני סכנות 'הכלי', קרי שימוש לא נכון וניצולו כ'כסות לגידול תולעים ושאר מזיקים'. בהקשר זה הוא גם מזהיר מפני אקטיביזם מוגזם של המערכת המחוקקת ושל המערכת השופטת גם יחד ורואה צורך לעתים 'להגן על הדמוקרטיה מפני שריה ושופטיה'.
ובכל זאת — בלי להצדיק את התופעה — הוא מבין את הרקע לאקטיביזם השיפוטי: השחתת המערכת הפוליטית ותגובה מאזנת להשחתה זו ('אני משער שבמקום אהרן ברק הייתי עושה אותו דבר לנוכח מצבה של המערכת הפוליטית'). ואולם הוא סבור כי גם במצבים כאלה צריכה להיות זהירות מפני הגזמה, פן תדמה המערכת המשפטית עצמה למערכת הפוליטית. לדעתו הבעיה העיקרית באקטיביזם השיפוטי היא במצבים שהוא נכנס ל'כפייה על אמונותיו של הפרט'. לעומת זאת הכרה בנישואים רפורמיים, למשל, 'באופן אישי לא מפריעה לי'.
הרב אלון מאמין שהקידום העיקרי של המארג הלאומי–חברתי אינו מתבצע בממסדים למיניהם — הפוליטי והרבני — אלא ב'שטח': ברמה המשפחתית, ברמה הקהילתית וברמה החינוכית. באותה רוח הוא סבור שעיצובן של מדינה ושל חברה יהודית–דמוקרטית יבוא לאו דווקא באמצעות חקיקה, או אפילו אמנות למיניהן, אלא בדיאלוג האישי והחברתי השוטף. כך הוא גם מסביר את הכרעתו האישית להתמקד בשדה החינוך ולא להתפתות לחיזורי המערכת הפוליטית. הוא אינו אומר זאת במפורש, אבל מרוח דבריו נראה שהוא מתנגד גם לחוקה, מכיוון שהוא אינו מעוניין במסגרות שיקבעו מראש מי מכריע במקרה ויכוח, 'כמו שאשתי ואני לא קובעים מראש מי יכריע'.
באשר למעמדם של הלא יהודים: לדעתו כל ישראלי — יהודי או לא יהודי — צריך להתחייב שלא לחתור תחת סמכותה ומעמדה של המדינה כתנאי לקבלת אזרחות או למימושה בהגיעו לגיל בגרות. לא יהודים יוכלו לזכות באזרחות ובשאר זכויות האזרח רק אם יצהירו, נוסף על כך, שאין להם שאיפות מדיניות החותרות תחת סמכותה של מדינת ישראל, ובכלל זה מעמדה כמדינת העם היהודי, וכן אם יקבלו עליהם את שבע מצוות בני נח — שבע מצוות המוגדרות בהלכה מצוות מוסריות החלות על כלל האנושות: שישה איסורים על עבודה זרה, גידוף שם שמים, רצח, גילוי עריות, גזל, אכילת איבר מן החי (איבר חי של בעל חיים), וכן החובה לקיים מערכת משפטית הוגנת.
באשר למעמד הנשים: לדעתו של הרב אלון הנשים הן בעלות זכויות שוות לגברים, ועם זאת הוא מדגיש ש'שוויון זכויות אין פירושו שוויון זהות'. הוא מאמין בתפיסה חינוכית — לא בכפייה — שלגברים ולנשים תפקידים שונים במשפחה ובחברה. הוא אינו מתנגד למינוי אישה לתפקיד ציבורי, אבל מלכתחילה יחנך לכך שהנשים עצמן תדגשנה את תפקידן המשפחתי והאימהי ותתגאינה בכך.