שאלתיאל כתב, ערך, תרגם והוציא לאור למעלה ממאתיים ספרים. להלן אחדים מפרסומיו:
ספרים
אלי שאלתיאל, 1990. פנחס רוטנברג: עלייתו ונפילתו של 'איש חזק' בארץ ישראל, 1942–1987, תל אביב: עם עובד.
אלי שאלתיאל, 2000. תמיד במרי: משה סנה – 1909–1948, א, תל אביב: עם עובד.
אלי שאלתיאל, בהכנה. משה סנה: ביוגרפיה, ב: 1948–1972.
אלי שאלתיאל, בהכנה. ביוגרפיה והיסטוריה, דיון תאורטי מקיף על הביוגרפיה כז'אנר היסטוריוגרפי, בלוויית מבחר מאמרי ביקורת על ביוגרפיות ידועות שם
עריכת כתבים, קובצי תעודות, יומנים ומסמכים
אלי שאלתיאל (עורך),1979-1972, משה שרת: יומן מדיני, ג, ד, ה, תל אביב: עם עובד.
אלי שאלתיאל (עורך), 1972–1980, דוד בן-גוריון: זכרונות, א–ד, תל אביב: עם עובד.
אלי שאלתיאל (עורך וכותב המבוא), תשמ"א. פרקים בתולדות ירושלים בזמן החדש, ספר זכרון ליעקב הרצוג, ירושלים: יד יצחק בן צבי ומשרד הבטחון.
אלי שאלתיאל (עורך וכותב המבוא), תשמ"ג. יהודים בתנועות מהפכניות: קובץ מאמרים, ירושלים: מרכז זלמן שזר.
אלי שאלתיאל (עורך המהדורה העברית), 1987. מילון פונטנה למחשבה מודרנית, תל אביב: עם עובד.
אלי שאלתיאל (עורך המהדורה העברית), 1990. המאה העשרים, היסטוריה מצולמת, תל אביב: עם עובד.
אלי שאלתיאל (עורך וכותב המבוא), תשנ"ז. הסדרה להנצחת זכרם של נשיאי ישראל וראשי ממשלותיה: דוד בן-גוריון, ראש הממשלה הראשון, 1947–1963, מבחר תעודות, ירושלים: ארכיון מדינת ישראל.
תרגום וכתיבת מבואות ואחרית דבר
אדוארד ה' קאר, 1982. המהפכה הרוסית מלנין עד סטאלין, 1917–1929, תל אביב: עם עובד. תרגום והוספת אחרית דבר.
ג'ורג' אורוול, 2001. חוות החיות, תל אביב: עם עובד. כתיבת אחרית דבר: 'חוות החיות – נסיבות כתיבתו ופרסומו'.