בתחילת הדיון הסבירה מנחת הפורום, כרמית גיא, שאף שמליאת הכנסת כבר אישרה את "חוק המאגר הביומטרי", יש מקום לדון בו ובהשלכותיו החברתיות, שכן בשנתיים הראשונות להחלתו הוא ייושם באופן חלקי ויכלול רק את פרטיהם הביומטריים של אזרחים שיתנדבו להשתתף בניסוי.
עוה"ד מייק בלס, המשנה ליועץ המשפטי לממשלה, עיגן את תמיכתו בחוק בטענה כי הפגיעה בפרטיותם של האזרחים קטנה מהתועלת שהוא יביא למאבק בפשיעה. לדבריו, תעודות הזהות שמשרד הפנים מנפיק כיום קלות לזיוף, ותעודות זהות "חכמות" מהסוג המפורט בחוק ימנעו זיופים כמעט כליל. לדבריו, הקמת מאגר נתונים ביומטריים על אזרחי המדינה אמנם תעלה כסף רב, אך בטווח הארוך ייעל המאגר את עבודות המשרדים ויחסוך משאבי ציבור רבים. בהמשך טען כי נוסח החוק שהתקבל בכנסת גובש באופן אחראי, הוא מפורט מעבר למקובל במדינות אחרות ומגביל מאוד את הגישה למאגר הנתונים הביומטריים ואת השימוש בהם.
עוה"ד אבנר פינצ'וק מהאגודה לזכויות האזרח טען כי החוק התגבש במשרדי הממשלה עוד לפני שהובא לדיון ציבורי ולמעשה כבר הוכרע לפני שהגיע לכנסת. לדברי פינצ'וק, חלק ניכר מהדיון על המאגר הביומטרי נסוב על האפשרות שפרטים מתוכו ידלפו; לטענתו, היבט חמור אחר של החוק הוא השפעתו על תחושת הפרטיות של האזרחים, גם בהינתן תרחיש שבו רמת דליפת המידע תהיה מינימלית: "השאלה היא לא רק אם המדינה תצליח לשמור על המאגר הזה מפני דליפה, אלא מי ישמור על השומרים", אמר.
עוה"ד נעמה פלאי מהלשכה המשפטית של משרד הפנים ביקשה להדוף את הטענות שלפיהן מאגר הנתונים הביומטריים יציב בפני גורמי האכיפה "מדרון חלקלק" שיגרום לאנשיהם לנצל את החוק למטרות שלא להן נועד, וטענה כי בחוק מצוינות חובות דיווח ברורות, גם על השימוש בו וגם על אירועים חריגים במערכת. גם ניצב משנה איילת אלישר, המשנה ליועץ המשפטי של המשטרה, יצאה להגנתו של החוק באומרה כי מאגר הנתונים הביומטריים אמנם עלול להביא לידי פגיעה בפרטיות, אך יסייע לשמור על זכותם של אזרחי המדינה לביטחון.
דורון אופק, חבר הפורום הישראלי לאבטחת מידע, קבל על הסטת הדיון מהמשמעויות הערכיות שהחוק טומן בחובו אל עבר משמעויותיו הטכנולוגיות והביורוקרטיות, וטען כי בעצם השימוש במאגר הביומטרי "מדינת ישראל מנסה לנכס כלי שיכול לזעזע את יסודות הדמוקרטיה". לדברי אופק, המדינה כבר התרשלה בשמירה על נתוני מרשם האוכלוסין, ואלה דלפו לגורמים רבים ובסופו של דבר מצאו את דרכם לאינטרנט, שם הם נגישים לכל גולש.
חה"כ מיכאל איתן (ליכוד), השר המופקד על שיפור השירות הממשלתי לציבור, אשר נודע כאחד ממתנגדיו הבולטים של החוק בכנסת, טען כי ניתן היה להכניס לשימוש תעודות זיהוי "חכמות" גם ללא הקמת מאגר של נתונים ביומטריים. לדבריו, התנהלותה של המשטרה מחייבת להטיל ספק בהצהרותיה שלפיהן תעשה שימוש מידתי בנתוני המאגר הביומטרי. לטענתו, כשהמשטרה באה לפני שופט ומבקשת צו שיאפשר לה להשיג מידע שבלעדיו הוא חסום בפניה, באי כוחה נוטים להעצים את העברות שמתוקפן מתנהלת החקירה. בפנייה לאנשי משרד הפנים התייחס איתן לחששם של מתנגדי המאגר שאף שלפי שעה ההצטרפות למאגר אינה בגדר חובה, המדינה מתכוונת להערים קשיים על אזרחים שיבקשו לקבל ממנה שירותים בלי לתת את פרטיהם הביומטריים. "אל תנצלו את זה כדי לכפות על אנשים, שלא תהיה דרך לקבל את מלוא השירותים מהממשלה עבור מי שלא נתן את פרטיו למאגר", קרא איתן.
שי קסירר, ממקימי אתר No2bio.org, שהשתתף במאבק הציבורי נגד המאגר, טען כי רשויות המדינה בישראל אינן בשלות לעשות שימוש במאגר שכזה בלי לנצל זאת לרעה. לדבריו, מדובר במערכת ענקית שנכנסת לתוך קונסטלציה של דמוקרטיה שברירית ושמירה שברירית על שלטון החוק; כשיש חוק שאומר שמותר לעקוב אחרי בן אדם דרך הטלפון הסלולרי שלו, כשמשכנעים אנשים לעבור מכרטיסיות נסיעה בתחבורה ציבורית לכרטיס מגנטי שיזכור לאן הם נסעו, בלי חוקה שתגן עלינו, אנחנו למעשה מקימים בפועל את האפשרות לעקוב אחרי הציבור. ד"ר ניצן ליבוביץ מהמכון הישראלי לדמוקרטיה הביע דאגה מהמניעים שהביאו את חה"כ שטרית לקדם את החוק באומרו שמי שיזם את החוק הזה יזם אותו בלב "שאינו נקי מבחינה דמוקרטית". עוד טען כי הכנסת לא דנה כראוי בהצעת החוק; העבודה הפרלמנטרית נעשתה בצורה לא ראויה ובאמצעות מחטפים ולא נערך דיון בבעיות עקרוניות, מעבר לדיון הטכנולוגי.
פרופ' מרדכי קרמניצר, סגן נשיא לחקר הדמוקרטיה במכון הישראלי לדמוקרטיה, ניצל את הדיון כדי לצאת נגד החוק. הוא השווה בין חוק המאגר הביומטרי ובין החוק להפרטת בית הסוהר בשני מובנים: ראשית – בשני החוקים מדינת ישראל בחרה בדגם הכי קיצוני של הפרטה, תוך כדי חציית כל הקווים האדומים של מה לא צריך להפריט במדינה; שנית – בהקשר של שני החוקים התנהל הדיון בכנסת מתוך תפיסה שבעצם ההחלטה כבר התקבלה, ואותה יש לממש.
בהמשך דבריו אמר פרופ' קרמניצר כי ההתפתחות הטכנולוגית פוגעת מעצם טבעה בזכות לפרטיות, ועל כן מעצימה את הצורך להגן עליה; כמו כן, הזכות לפרטיות היא זכות מאוד לא מוגדרת, ולכן יש סכנה שהפרטיות תאבד וזו סכנה אמתית של ממש. פרופ' קרמניצר חתם את דבריו באומרו כי הצירוף של שני הגורמים האלה יחד – התפתחות הטכנולוגיה ואי-ההגדרה של הזכות לפרטיות - מעמיד איום אמתי על הפרטיות, וחוק המאגר הביומטרי הולך בכיוון זה. הטענות על "המדרון החלקלק" אפוא אינן תלושות מהמציאות.
ד"ר ניצן ליבוביץ' הדגיש בדבריו כי המוטיווציה הראשונית לחוק, כמו שהצהיר עליה חה"כ שטרית בדיוני הוועדה ובראיונות לתקשורת, הייתה לקבוע "מיהו ישראלי" ולמנוע "סיכונים ביטחוניים". רעיון זה, הדגיש ד"ר ליבוביץ', מצביע על התפיסה האנטי-דמוקרטית העומדת ביסודו ובמהותו של החוק. יתרה מזאת, תהליך העברת החוק, כמו שנעשה, הראה שחה"כ שטרית ניסה ככל יכולתו למנוע את הביקורת הציבורית על החוק והשתיק דיון פתוח בחלופות שלטענת תומכי החוק דווקא היו משפרות את רמת ההגנה שבו. החוק כמו שעבר מצביע הן על כשל ערכי והן על כשל טכני, ומציב את ישראל, כפי שמראים דוחות עכשוויים של האיחוד האירופי, כמדינת ה-"Homeland Security par excellence". עוד הוסיף ואמר כי "במאמר שפרסמנו אבנר פינ'צוק ואני באתר המכון לדמוקרטיה, עמדנו על גורמים אלה בפירוט רב" (ראו: מדינת ישראל והחוק הביומטרי, או: כוח המרכז והפוסט-דמוקרטיה). לבסוף, בפנייה ישירה לאחראים על ניסוח החוק והפיילוט, קרא ד"ר ליבוביץ' להקים צוות בדיקה ציבורי שיפעל לצד הפיילוט ויגיש את המלצותיו בסוף תקופת הניסיון. צוות כזה חייב לכלול נציגים של האגודה לזכויות האזרח ואישי ציבור מוכרים שאין להם אינטרס כלכלי או פוליטי ביישום החוק.