שני פרסם ספרים ומאמרים בנושאים רבים, בהם המשפט הבין-לאומי, זכויות אדם והמשפט ההומניטרי. להלן אחדים מפרסומיו:
ספרים
עמיחי כהן ויובל שני, מחקר מדיניות 93: צה"ל חוקר את עצמו, הוצאת המכון הישראלי לדמוקרטיה, 2011
אלעד גיל, יוגב תובל, ענבר לוי, מרדכי קרמניצר (מנחה) ויובל שני (מנחה), 2010. אמצעים חריגים למאבק בטרור: מעצר מנהלי, הריסת בתים, גירוש ותיחום מגורים, ירושלים: המכון הישראלי לדמוקרטיה.
גיל-עד נועם ויובל שני (מנחה), 2009. ההתמודדות המשפטית בישראל עם תופעת מימון טרור, ירושלים: המכון הישראלי לדמוקרטיה.
יובל שני, 2009. השימוש בעקרון המידתיות במשפט הבין-לאומי, ירושלים: המכון הישראלי לדמוקרטיה.
ארנה בן-נפתלי ויובל שני, 2006. המשפט הבינלאומי בין מלחמה לשלום, תל אביב: רמות – אוניברסיטת תל אביב.
יורם רבין ויובל שני, 2004. זכויות כלכליות, חברתיות ותרבותיות בישראל, תל אביב: רמות – אוניברסיטת תל אביב.
פרנסס רדאי ויובל שני (עורכים), נעם וינר (עורך משנה), 2004. מתחם ההפרדה: מבט רב-תחומי, תל אביב: מכון קונקורד לחקר יחסי הגומלין בין הדין הבינלאומי למשפט הישראלי בבית הספר למשפטים, המסלול האקדמי – המכללה למנהל.
Yuval Shany and Tomer Broude (eds.), 2008. The shifting allocation of authority in international law: considering sovereignty, supremacy and subsidiarity, Oxford: Hart Publishing.
Yuval Shany, 2007. Regulating Jurisdictional Interactions between National and International Courts, Oxford: Oxford University Press.
Yuval Shany, 2003. The Competing Jurisdictions of International Courts and Tribunals, Oxford: Oxford University Press.
Philippe Sands (ed.), Ruth Mackenzie and Yuval Shany (assistant eds.), 1999. Manual on International Courts and Tribunals, London: Butterworths.
מאמרים
שני פרסם מעל שלושים מאמרים מקצועיים בספרים ובכתבי עת מדעיים בארץ ובחוץ לארץ.